南京大屠杀的最终责任认定结果
马吉与田伯烈在东京审判作证时，都认定大屠杀系在南京战地指挥官与东京统师帅部完全知悉与同意下进行的。贝德士在作证时更说：“在这秩序混乱的七个星期中，我们一次也没有看到或听到过惩办这些士兵犯罪行为的情况，更谈不上有人受到处分了。”
按着上述东京审判所获的日军命令所说：“如果将参加过战争的军人一一加以调查，大概全部是杀人、抢劫、强奸的犯人”，则20万进入南京的日本官兵从上到下几乎全是犯人，应对“南京大屠杀”负责。但是，日军是层层节制，阶级服从，迄止日本战败，维持不变。
中外学者对于“南京大屠杀”的命令来源多追溯至1932年上海事变祸首之一，后任日本陆军部军务局长田中隆吉少将，在其1948年东京新风社出版之《被割断的历史：战败秘话》中所作的回忆。
于1938年4月曾在朝香宫指挥下的“上海派遣军”任情报主任参谋的长勇中佐（后调任第七十四联队长晋升大佐），对田中夸口说，是他擅用军司令官的名义下令屠杀俘虏：“由于在杭州湾登陆的柳川兵团推进神速，大约有三十万中国兵被切断了退路，他们丢下武器，向我投降。要处理这么多俘虏，粮食方面是个最大的问题。我立即擅自向所属各部队发出命令：应全部杀掉这些俘虏。我利用军司令官的名义，通过无线电讯传达了这项命令。命令的全文，当即烧毁。由于这一命令，大屠杀开始了。”
我们对田中和长勇的话实在难以相信。以区区中校竟敢擅自代上海派遣军司令官发令，而且是口头命令，恐在任何有组织有纪律的军队都不可能，何况可谓当时世界上最讲阶级服从的日军。
另据第十六师团一位炮兵观察班长泽田正久的证言：“俘虏数目一万左右，遂报告军司令官，司令部命令立刻予以枪决。”这个命令显然来自上海派遣军参谋长饭沼守，因为泽田还批评他说：在五个月前在东京听饭沼演讲时，他还讲应该善待俘虏，今却说：“应立即予以枪决”。
参谋长是幕僚，为主官出谋划策，处理日常工作，如此关系成千上万的俘虏的生命问题，他既无权也不敢擅自处理。参谋长当然可以代主官下达命令，可是处理这样重大问题绝不能作主。
军司令官朝香宫鸠彦王为日皇裕仁的叔父，于1937年12月2日始被日皇任命继松井（晋升为华中方面军总司令官）为上海派遣军司令官，而于12月5日赶至前线就职，他势必与各师团长经常以电话电报联络，就近指挥。
另据第十六师团第三十八联队副官儿玉义雄的回忆：“当联队的第一线接近南京城一、二公里，彼此正在混战时，师团副官以电话说是师团命令：‘不能接受支那兵的投降，并予以处置。’……师团长中岛今朝吾这个命令我实在无法接受，我曾对参谋长及其他参谋建议过几次，但未能获得其同意，所以我也有责任。”
第三十八联队长助川静二大佐在证言中说，屠杀俘虏的命令是师团长所下的。中岛师团长在其1937年12月13日的日记说：“因采取大体不留俘虏的方针，故决定全部处理（屠杀）之，据知仅佐佐木部队就处理掉约15000人，守备太平门的一中队长处理掉1300人，现集中在仙鹤门附近的，约有七千到八千人，而且俘虏还在不断来降。”
上海派遣军的第十三师团属下之山田支队（即第六十五联队）于12月14日在南京东北幕府山附近获得中国俘虏14000余名。经山田少将支队长上报请示处理办法，军部三次向东京大本营军部请示，第三次复电为“按照军司令部的责任去干”，遂有朝香宫司令官及师团长所下达的一连串“处理掉”的命令，该批俘虏延至19日上午始动员予以全部杀掉。
“南京大屠杀”中杀我军民最多的是第十六师团。其次是第六师团。第六师团是属于自杭州登陆的第十军。其军司令官是日军皇道派，支持1936年“二二六”政变的三将领之一的柳川平助中将（1879年——1945年）。
他在杭州湾登陆的演说中曾说：“山川草木都是敌人。”该军“军参谋长的注意”有“对支那老百姓的注意”一项：“在华北尤其是上海方面的战场，一般支那老百姓，纵令是老人、女人或者小孩，很多干敌人的间谍，或告知敌人以日军的位置，或加害于日军的单独兵等等，有这样的实例，故不能粗心胆大，需要特别注意，尤以后方部队为然。如果发现这些行为，不得宽恕，应采取断然处置。”
柳川第十军的随军记者乃说：柳川兵团的进攻之所以如此迅速，是因为在官兵之间有“可以任意掠夺、强奸的暗默谅解。”柳川麾下的第六师团，其师团长谷寿夫中将为中国军事法庭因“南京大屠杀”而判处死刑的最高将领。他本人就是罪魁。
如同第十六师团长中岛，谷也亲自用军刀杀人，他本人强奸中国妇女十余人。第六师团的随军摄影记者河野公辉曾在该师团司令部看到一份上级传达的命令：“不容许共产主义的暴虐，为粉碎共匪的猖獗活动，农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。”难怪该师团进入南京后，立即屠城。“南京大屠杀”时期的侵华日军最高统帅松井石根大将，于战后经东京审判以“南京大屠杀”罪行责任，与东条英机等七人被处绞刑。
松井于1937年12月7日发出“南京城攻略要领”之作战命令：即使守军和平开城，日军入城后也要分别“扫荡”。对战俘问题未提只字。在“扫荡”的名义下，不仅可屠杀战俘和散兵（日军称之为“败残兵”或“便衣兵”），亦可屠杀平民。
南京沦陷第三日（12月15日），松井再发出作战命令：“两军（上海派遣军和第十军）在各自警备地区内，应扫荡败残兵，收集隐匿之武器与军需器材，扫除战场。”所谓“扫荡败残兵”，意即屠杀战俘与散兵。松井和各师团长的“不要接受俘虏”，“枪毙俘虏”，甚至“难民”的命令已昭然若揭。
日本上海总领事馆获悉日军在南京的暴行，并报告东京外交部。该部东亚局长石射猪太郎在其1938年1月6日的日记中写着：“上海来信，它详报日军在南京的暴行、掠夺、强奸，惨不忍睹。呜呼！这就是皇军？”“这就是‘圣战’和‘皇军’的真面目！”
日本重大问题之最后决策均操于天皇之手。裕仁对进攻南京极为重视，支持军部及内阁之主战派，扩大对华侵略战争，密切注意南京战事之进展，何况十天前他才派他的叔父朝香宫接任上海派遣军司令官。
翌年2月26日，裕仁亲自召见松井石根、朝香宫及柳川平助，对于他们之攻克南京，予以嘉勉，并各赠一对镶皇家菊花的银瓶为奖。毋庸置疑的，裕仁对南京大屠杀的责任远超过这三位受奖的现行战犯。
